1． 空调运行前，应对其水系统进行清洗，以除去安装过程中的焊渣、油污等。值得注意的是：在清洗冷媒水系统干管时，应先关闭冷源机组蒸发器、风柜和风机盘管的进水阀，开启旁通阀，使污水通过旁通阀排出管外。蒸发器、风柜和风机盘管的清洗需单独进行。
2． 在运行过程中，每隔一到两周应对水质进行监测，调整PH值在规定范围内（6~8），将冷却水的浓缩倍数控制在2.5~3.5左右，同时，应及时对系统进行排污和补水。
3．进行合理的水处理，根据水质的情况，按时添加缓蚀阻垢剂、分散剂和杀菌灭藻剂，以减少腐蚀，防止水垢形成和藻类、细菌的繁殖。常用锌-铬酸盐、锌-聚磷酸盐作为缓蚀剂；用聚磷酸盐、聚丙烯酸作为阻垢剂；杀菌灭藻剂可用氯或次氯酸盐。
4． 定期清洗循环回路上过滤器和除污器中的泥沙和杂物。
5． 停机后应将冷却水全部放掉，对于冷媒水，若水质若符合要求，可以不放掉，但是若是在冬季停机，为防止管道冻裂，则需将系统中的水全部放掉。放水后应对除污器和过滤网等进行清洗。
另有研究表明，将冷却塔的进水和出水温度降到20～30℃，将冷却水系统中的冷却水流速度控在1.8～2.5m/s范围内，可以控制菌类的滋生速度，同时水中的钙、镁离子也不易聚结成垢，这是避免中央空调水系统清洗与维护的关键方式之一。
